绘制回归分析结果的森林图,R和Stata软件学起来!

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在上一期的内容中,我们向大家介绍了如何通过GraphPad Prism和Excel软件来绘制森林图,从而使得回归分析的结果能够可视化。在本期内容中,我们再来介绍两款进阶的常用软件——R和Stata,教大家进一步玩转森林图。

 

我们仍然以2016年发表在JACC杂志上的这篇文章《A Prospective Natural History Studyof Coronary Atherosclerosis Using Fractional Flow Reserve》为例,利用文章中的Table 3多因素回归结果来绘制森林图。

 

 

R——统计作图神器

 

R作为一个90后,在数据处理、统计分析、计算绘图等方面,俨然已经成为了一颗新星。尤其是R在绘图方面的突出表现,凭借强大的程序资源包,以及漂亮、高质量的图形输出,获得了一大片死忠粉的拥护。

 

下面我们就来介绍一下,如何通过R简单的4行代码,来绘制回归分析结果的森林图。

 

1. 安装forsetplot程序包(绘制森林图)和haven程序包(导入SPSS文件)

install.packages("forestplot")

install.packages("haven")

 

2. 加载forsetplot和haven程序包

library(forestplot)  

library(haven)     

 

3. 准备数据文件并导入R

 

3.1 数据录入

 

本文以SPSS软件数据录入为例,录入格式如下:

 

 

3.2 数据导入

 

#用read_sav函数导入SPSS文件并命名为ForestPlot

ForestPlot <- read_sav("C:/数据库存储路径/Forest Plot.sav")  

 

#用attach函数将其添加到R的搜索路径中,作为当前默认数据框

attach(ForestPlot)

 

4. 利用forestplot函数绘制森林图

 

forestplot(as.matrix(ForestPlot[,1:3]), HR, LowerCI, UpperCI, graph.pos=2,   zero=1, graphwidth=unit(50,"mm"), lineheight="auto", boxsize=0.1, xticks=(c(0.5,1.0,1.5,2.0,2.5)), col= fpColors(all.elements = "black"))

 

 

以上参数是forestplot函数最基本的一些设置,最终生成的森林图如下图所示。当然还有很多其他参数可以对图形细节进行进一步修饰,大家可以自行尝试一下。

 

 

Stata——Meta分析全才

 

Stata功能强大,且操作简单,在Meta分析中,Stata相对于RevMan(Meta分析最常用的经典款软件)来说,它除了可以完成普通的二分类变量和连续型变量的Meta分析,还可以进行Meta回归分析、累积Meta分析、诊断试验、剂量反应关系等几乎所有的Meta分析方法,同时也可以对发表偏倚进行Egger’s检验,进行敏感性分析等,因此Stata被认为是Meta分析的全才,绘制森林图当然就不在话下。

 

下面我们以Stata 14为例,来介绍如何绘制回归分析结果的森林图。

 

1. 安装Meta分析模块

 

1.1 在命令框输入search meta dialog,点击Meta分析模块的安装包链接,并点击click here to install进行安装,安装成功后显示installation complete。

 

另,在命令框输入ssc install metan 也可以进行安装。

 

 

1.2 在命令框输入help meta dialog,在弹出的界面中找到Menu creation commands,将代码进行复制,如下图所示。

 

 

1.3 点击Window → Do-file Editor → New Do-file Editor,将刚刚复制的代码粘贴上去。注意:复制粘贴的时候每一行代码要完整,避免出现换行的现象。然后保存为profile.do文件,放在Stata默认保存的位置。

 

 

 

1.4 放置成功后重新启动,你会发现在User工具栏下面就多出了一个Meta-Analysis的菜单及丰富的子菜单,下面我们就可以利用这个菜单进行绘图了。

 

 

2. 绘制森林图

 

2.1 数据录入:点击Data → Data Editor → Data Editor(Edit)

 

 

2.2 点击User → Meta-Analysis → Of Binary and Continuous(metan),按照下图所示进行设置,点击OK完成操作。

 

 

 

 

2.3 Stata绘制的森林图如下图所示。在Graph界面点击Start Graph Editor,也可以对图形细节进行进一步调整,这里不再详述,留给大家自行尝试。

 

 

以上是通过Stata的窗口界面进行设置来绘制森林图,图形输出的同时,在命令框也会显示对应的命令,熟练的同学也可以直接输入命令简单快速的完成森林图的绘制。

 

metan hr lowerci upperci, label(namevar=variables) fixed effect(HR) xlabel(0.5,1, 1.5,2,2.5) force nowt nooverall nobox null(1)

 

 

通过两期的内容,我们向大家介绍了4款不同的软件来绘制回归分析结果的森林图,当然如果觉得以上方法还不够用,绘制森林图的软件也还有很多,比如进行Meta分析最经典的基本款RevMan,统计分析老大SAS等等,有兴趣的同学可以尝试一下哈。

 

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