非独立样本如何进行统计分析?

回顾性临床病例分析,患有结节性硬化症的每个病人大脑有多个皮质结节,每个结节的类型可能与临床表现有关,想做结节水平上的分析,这样是不是就不是独立样本分析(结节水平)?非独立样子就不能用卡方和秩和检验了吧?应该用哪种统计方法?