单基因的旧活新整:miR-100-5p相关基因集对于胃癌的预后意义
作者首先同时分析三个数据集,将差异上下调miRNA分别取交集,
得到共同下调的miR-100-5p,并且在胃癌组织中也证实了该miRNA的下调。
然后通过做森林图和生存曲线,作者发现高表达的miR-100-5p预后差。
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接着,通过WGCNA,作者找到了和miR-100-5p相关性最高的一个模块。
将该模块的基因和miR-100-5p的预测靶基因取交集,得到271个潜在的靶基因。
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接着作者通过分子分型,利用271个交集基因的表达谱,将TCGA-STAD数据集样本分为了两个亚型。
个人认为,作者这部分的分析纯属凑数据,毫无逻辑。
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然后作者对这271个交集基因进行LASSO回归和多因素Cox回归分析,
并对最后得到的9个基因进行预后模型构建。
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通过生存分析和ROC曲线分析,证实了该预后模型的预后价值和诊断价值。
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进一步,用预后模型的风险评分联合其他临床变量构建列线图模型,
并通过校准曲线和DCA曲线验证了该列线图模型的性能。
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接下来,作者就对预后模型的风险评分展开了多角度的分析。
首先是分析了风险评分对免疫浸润的影响。
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然后是风险评分对生物学功能和通路的影响。
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然后是风险评分对化疗和免疫治疗的影响。
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最后是风险评分对预后的影响。