单因素有差异性,多因素分析中没有该如何处理

我把四个自变量X和一个因变量Y进行了非参数检验,然后发现有三个X是有差异性的。然后发现Y不属于整态分布,把Y变成二分类数据后,把所以的X也变成二分类数据,然后用logist回归分析进行多因素分析,结果发现只有一个X和Y有差异性,另外两个X没有差异性了。实际工作中,X和Y应该都是有关系的。这种情况该怎么办呢?