上一次我们说到了零代码用Graphpad Prism软件做ROC曲线的方法，这次给大家聊一聊怎么用代码做ROC曲线。

工欲善其事必先利其器，首先咱们得安装R和Rstudio。

这个先默认大家都安装了（如果不会，下次可以再开一期实操分享图片）。

1.首先安装一个R包，这次咱们的分享只需要用到一个包，pROC。

install.packages("pROC") #pROC包是储存在CRAN网站的，需要用这行代码安装。

2.接着加载R包

library(pROC) #R语言中加载R包的函数是library()

3.然后读取咱们这次的示例文件

rt <- read.table("tcgaRisk.txt", header=T,sep="\t", check.names=F, row.names=1) #示例文件是txt格式的，可以用read.table函数读取

4.接着对结局变量进行重命名

rt$type <- ifelse(rt$fustat==1,"dead","live") #使用ifelse函数对fustat变量值进行重新命名

5.接着进行统计分析

ROC1 <- roc(rt$type, rt$riskScore, levels = c("live","dead")) #利用roc函数进行统计分析

6.然后绘制ROC曲线

plot(ROC1,add = FALSE,col = 'red', legacy.axes = TRUE,xlab = "1-Specificity",print.auc =TRUE,print.auc.x = 0.5,print.auc.y = 0.5,print.thres = TRUE) #用简单的plot函数绘图就可以了

7.最后可以对ROC曲线进行一些修饰，比如添加可信区间

ROC2 <- ci.sp(ROC1,

             sensitivities = seq(0, 1, 0.01),

             boot.n = 2000) #通过ci.sp函数计算可信区间

plot(ROC2,

    type = "shape",  

    col = 'red')

一共7步，就可以通过R语言绘制ROC曲线了