Science:COVID-19的爆发,打破了论文发表的模式

2020-02-29 来源:

1月22日,Dave O’Connor和Tom Friedrich邀请了美国各地的几十名同事加入即时通讯平台Slack上的新工作区。美国国家灵长类动物研究中心的科学家们看到中国出现一种新疾病的新闻后,意识到研究人员如果想要解决有关其生物学的一些重要问题,就需要灵长类动物模型。O’Connor说:“我们与一些研究人员进行了联系,基本上都表示愿意分享“。Friedrich补充说,这样做的目的是协调研究并确保研究结果具有可比性。(后来,他们将Slack工作区命名为Wu-han Clan)

Wu-han Clan只是COVID-19爆发后,改变科学家就快速发展的疫情进行沟通的一个例子。现在可以在生物预印本服务器(bioRxiv)来预先发布大量数据,然后在正式同行评审开始之前在Slack和Twitter等平台上以及媒体上对其进行仔细检查。期刊工作人员正在加班工作,以便以创纪录的速度审核、编辑和出版文章。顶级医学期刊《新英格兰医学杂志》(NEJM)在提交后48小时内就发布了一篇有关COVID-19都论文。病毒基因组在一个名为GISAID(https://www.gisaid.org/)的平台上进行发布,目前已有200多个,由一组进化生物学家在预印本和社交媒体上分享他们的进化树(phylogenetic trees),对病毒基因组进行即时分析。

 ”这与我参与过的任何疾病大爆发研究都大不相同。”哈佛大学流行病学专家Marc Lipsitch说。激烈的交流促进了科学家之间非同寻常的合作水平,再加上科学进步,使研究的发展速度超过了以往任何一次爆发。“在6周内产生了前所未有的信息。”英国惠康基金会(Wellcome Trust)负责人Jeremy Farrar说。

1月22日,Dave O’Connor和Tom Friedrich邀请了美国各地的几十名同事加入即时通讯平台Slack上的新工作区。美国国家灵长类动物研究中心的科学家们看到中国出现一种新疾病的新闻后,意识到研究人员如果想要解决有关其生物学的一些重要问题,就需要灵长类动物模型。O’Connor说:“我们与一些研究人员进行了联系,基本上都表示愿意分享“。Friedrich补充说,这样做的目的是协调研究并确保研究结果具有可比性。(后来,他们将Slack工作区命名为Wu-han Clan)

Wu-han Clan只是COVID-19爆发后,改变科学家就快速发展的疫情进行沟通的一个例子。现在可以在生物预印本服务器(bioRxiv)来预先发布大量数据,然后在正式同行评审开始之前在Slack和Twitter等平台上以及媒体上对其进行仔细检查。期刊工作人员正在加班工作,以便以创纪录的速度审核、编辑和出版文章。顶级医学期刊《新英格兰医学杂志》(NEJM)在提交后48小时内就发布了一篇有关COVID-19都论文。病毒基因组在一个名为GISAID(https://www.gisaid.org/)的平台上进行发布,目前已有200多个,由一组进化生物学家在预印本和社交媒体上分享他们的进化树(phylogenetic trees),对病毒基因组进行即时分析。

 ”这与我参与过的任何疾病大爆发研究都大不相同。”哈佛大学流行病学专家Marc Lipsitch说。激烈的交流促进了科学家之间非同寻常的合作水平,再加上科学进步,使研究的发展速度超过了以往任何一次爆发。“在6周内产生了前所未有的信息。”英国惠康基金会(Wellcome Trust)负责人Jeremy Farrar说。

 预印本服务器的出现

 在过去的疫情爆发中,科学交流缓慢常常是一个难以解决的问题。研究人员有时会对关键数据保密,直到一篇论文被高影响因子、经过同行评审的期刊接受为止,因为他们担心竞争对手可能会与之竞争。即使研究人员愿意尽早分享他们的发现,也没有一个生物医学平台可以分享。

 Lipsitch在几年前意识到,预印服务器(在同行评审之前发布调查结果)或许可以改变这种情况。不管最终发表在哪里,科学家都可以迅速发布新数据,并且数据不会被盗,仍然可以从中获得一些荣誉。Lipsitch和其他学者在2018年的一篇论文[1]中得出结论,在2015-16年的寨卡病毒和2014-16年西非埃博拉病毒爆发期间,预印本加快了数据传播的速度。大多数预印本在期刊出版之前的100多天就已经发布。但是,总体而言,有关这两种流行病的期刊文章中只有不到5%首先被作为预印本发布

 但是,目前COVID-19的爆发已打破了这种模式。本周初,预印本存储库已经发表了283篇论文(见下图),而期刊上发表的论文为261篇。同时运行两个服务器的John Inglis说,最大的两个生物医学预印本服务器bioRxiv和medRxiv“目前每天有关新型冠状病毒CVOID-19的研究约有10篇”。这种爆炸式的增加“对我们的小团队来说也是一个挑战……,工作人员基本都没办法休息。”  

图. 预印本发表数量超过期刊发表数量

 快速信息共享的缺点

这项工作大部分是由工作人员和外部科学家完成的,包括筛选提交的内容以消除伪科学和观点类文章。香港大学流行病学家Keiji Fukuda说,手稿的质量千差万别。“其中有些文章没有用,而有些文章却非常有用。”美国国家过敏和传染病研究所所长Anthony Fauci说,他太忙了,以至于经常在深夜阅读预印本。Fauci说:“甚至十一点,十二点的时候,还有25篇文章需要审核,你不能忽略它们,但是有时候,哪些结论可以让人相信,会感到有些混乱。”

 对于记者和广大公众而言,这甚至更加困难。 1月31日,印度科学家在bioRxiv上的预印本[2]指出,SARS-CoV-2(引起COVID-19的病毒)与HIV病毒之间存在“不可思议”相似性,助长了关于基因工程的阴谋论。该论文在Twitter上进行了广泛讨论,尽管一些科学家立即表示该研究存在缺陷[3],但还是被一些新闻媒体进行了大肆报道。Inglis指出,该论文在48小时内收到了90条批评意见,并被迅速撤回。(两周后,发表在《新兴微生物与感染》(Emerging Microbes and infection)上的一篇正式论文[4]揭穿了这一发现)。

 伊拉斯姆斯医学中心的病毒学专家Marion Koopmans说,这些数据正成为不良信息“信息库”的一部分,科学界需要就如何处理这些信息展开讨论。她说:“对开放科学,开放数据进行大力倡导后,对于一些不良信息应该怎么办?”BioRxiv和medRxiv都发布了醒目的公告,强调了预印本信息的可靠性存疑。Inglis说:“我们应该敦促记者在报道中同时报告使用信息的注意事项。”

 快速信息共享的好处远大于缺点

 Farrar表示,快速信息共享的好处远大于缺点。 而且,即使是顶级期刊的同行评审也不能保证研究结果是正确的。NEJM于1月30日发表的一篇论文[5]表明一名感染COVID-19的无症状的中国女性曾将该病毒传播给德国人,后来遭到严厉批评[6],因为事实证明作者并未真正与该女性交谈。后来的采访表明她有一些症状。该期刊已将这些信息添加作为附录进行了补充说明[7]。 

NEJM总编辑Eric Rubin承认,严谨与速度之间存在矛盾。他指出,该杂志对COVID-19论文的审核过程与往常基本相同,但速度更快。他在一封电子邮件中写道:“如果我们有更多的时间,我们和作者可能会做得更加谨慎。但是,目前,医生正应对一场危机,可以快速获得高质量的信息可能要好的多。”

 O’Connor 说,为了加快研究速度,共享那些不起眼的信息也至关重要,例如,实验表明某种动物不会被这种新型病毒感染等。他说:“重要的信息通常不会通过传统渠道共享,”这就是为什么诸如Wu-han Clan这样的组织如此便利的原因。其成员还讨论了是否以传统方式感染动物,即在其鼻子中放置液态病毒悬浮液或者通过气雾剂,这种新的暴露方式更像打喷嚏(他们可能会尝试两者)。“通过公开共享研究计划,我们可以减少数据冗余”Friedrich 说。

 尚不清楚这种科学合作是否有助于减轻COVID-19在世界范围内的造成的冲击。但是,许多科学家认可这种方式。日内瓦新兴病毒病中心的病毒学家Isabella Eckerle说:“感觉上,正在转变为一种全新的研究文化,这是令人兴奋的。”

 参考文章: 1.https://doi.org/10.1371/journal.pmed.1002549 2.doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927871 3.https://twitter.com/SKonermann/status/1223344537772290048?s=20 4.https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1727299 5.DOI: 10.1056/NEJMc2001468 6.https://www.sciencemag.org/news/2020/02/paper-non-symptomatic-patient-transmitting-coronavirus-wrong 7.https://www.nejm.org/doi/suppl/10.1056/NEJMc2001468/suppl_file/nejmc2001468_appendix.pdf

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